的领海线以外），然后美机在外面巡逻掩护，国民党军的运输机则迅速飞入金门上空实行空投。这种补给方式，确实给人民解放军实施封锁带来了相当大的困难。
针对国民党补给方式的变化，解放军前线部队响应研究了对策。由于金门斗争牵涉到复杂的国际问题，军事行动必须服从政治斗争和外交斗争的需要，9月24日中央军委又向前线部队重申了“以炮击为主，海军空军在确实不误击美舰美机和有把握胜利的原则下相机作战”
的方针。当时，由于台风，海面涌大浪高，解放军海军快艇的吨位一般都只有几十吨，这类小艇出海已很困难，因此封锁任务主要由炮兵和空军担负。炮兵根据新的敌情研究了打击国民党的水陆输送车并封锁空投场的新战法；空军则寻找时机，在确保不同美机交战的情况下打击国民党军的运输机。
解放军炮兵为了有效地打击水陆输送车，将部分远射程的火炮和海岸炮前推，增大火力控制范围，迫使国民党军的运输舰在更远的海面停泊，使水陆输送车因增大航程更易遭受打击，同时，迫其在距岸更远的海中下水，在海浪中也容易发生沉没事故。此外，解放军炮兵经周密计算，在料罗湾各主要航道上及沿岸便于水陆输送车着陆的滩头，事先计划移动拦阻射击弹幕和不动拦阻射击火墙，一旦发现水陆输送车或小型登陆艇上岸，马上呼唤火力实施较准确的射击。开始，国民党军的水陆输送车由舰上泛水后，分波次成一列横队抢滩上陆，这样在解放军的炮火打击下每次都有几个目标被毁伤。
另外，有的水陆输送车还在海中翻沉。如一辆满载新闻记者的输送车沉没，当场就淹死记者6人（其中有南朝鲜记者1人，日本记者1人），一时在台湾和国外新闻界引起了轰动，同时也更增加国民党的恐慌情绪。
国民党军在其水陆输送车连遭打击的情况下，又不得不改变抢滩上岸的方法，其运输舰在距金门更远的海面放下减少装载量的水陆输送车（这样航渡时可安全些），然后由输送车在多方向以单个不规律的跃进方式上岸。这种运输方式确实可以大大减少遭受炮击的危险，可是运输量同样也大为减少。
由于海上运输量远不能满足金门守军的需要，台湾当局又只得加紧空投运输。自从9月3日金门机场在解放军的炮火打击下起降中断后，国民党空军就一直利用视度较差的天候（黄昏、拂晓或夜间）对金门进行低空空投。解放军炮兵和空军针对这一情况，反复研究了打击运输机和空投场的办法。解放军炮兵以加农炮和中口径高射炮在前沿配置，对金门岛上各空投场构成空中火网，国民党空军的运输机一临空，马上以浓密的炮火射击，使其无法空投或升高盲目空投。敌机逃走后，炮火马上转移打击空投场和着陆物资，杀伤地面人员。针对国民党空军夜间空投的情况，解放军在前沿岛屿和突出部也模拟国民党军的炮光信号，诱使其运输机误投。这样，从9月23日至29日，解放军炮兵不仅击落国民党军运输机1架，击伤2架，而且使国民党空军的运输机投下的物资损失甚多，有许多还投到解放军阵地上来。台湾当局的空投计划没有一天能够如数完成。金门国民党军一天中最多只能得到100余吨空投物资，杯水车薪，无济于事。
随着金门守军遭封锁后处境日益恶化，美蒋之间的矛盾也日益激化了，已经公开表现出美国企图在金、马脱身，而蒋介石坚持不撤，仍想以金、马把美国拖在中国内战中。
